ll Museo della Città e del Territorio è stato fondato nel 1991 da Enrico Guidoni ed Elisabetta De Minicis, come sperimentazione di una nuova tipologia museale, proposta a livello nazionale, regionale e locale, attuato (a partire dal 1992 nella sede di piazza Don Pallini e dal 1995 nella sede attuale) nel prototipo di Vetralla. Del Museo fa parte integrante la Casa Museo allestita in una torre medievale in Via Cassia, 36.

Il Museo di Vetralla, con il suo particolare taglio territoriale esteso a tutti i centri storici della Tuscia, vuole essere uno strumento scientifico, informativo e didattico d'avanguardia, e si rivolge in modo particolare agli addetti ai lavori (architetti, urbanisti, restauratori, archeologi, storici, operatori culturali, studenti universitari, ecc.) ed ai singoli cittadini interessati alla cultura ed alla tutela del proprio patrimonio.

Il Museo, inserito nel circuito dei musei a carattere demoantropologico della Regione Lazio, è finalizzato a conservare la documentazione relativa a temi privilegiati come la storia dell'ambiente, del territorio, dei centri antichi, (con particolare attenzione per l'archeologia medievale e industriale), la storia dell'architettura e dell'arte, la storia delle tecniche e dei mestieri tradizionali maggiormente legati all'edilizia.

L'edificio storico che ospita il Museo, acquistato nel 1991, è l'antica Torre di Porta Marina costruita nel XV secolo a difesa dell'angolo nord-occidentale delle mura medievali, ancora in parte visibili.